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　　金藻因为营养价值丰富和能形成赤潮或水华,而广受学术界和政府部门的关注。目前我国的金藻分类一直沿用20世纪7080年代的分类标准,以形态特征为主。由于传统的分类方法的局限,金藻分类系统较混乱。为此,本论文对我国常见的包括等鞭金藻属、棕囊藻属和巴夫藻属在内的8株金藻的18SRRNA基因序列进行了测定,并对相关属种进行了系统发育关系的分析。首先,就玻璃粉法、CTAB法、PVP法和高盐法4种DNA提取方法对棕囊藻和绿色巴夫藻的DNA提取进行了比较研究。结果显示,对于次生物质含量较多的棕囊藻而言,玻璃粉法是4种方法中最好的DNA提取方法。对于无细胞壁的绿色巴夫藻而言,高盐法较好。其次,利用NJ法构建了包括等鞭金藻属、棕囊藻属和巴夫藻属在内的48株金藻的18SRRNA基因序列的系统树。结果显示,金藻类分为3个大的分支1巴夫藻属；2棕囊藻属；3定鞭金藻属、颗石藻属和等鞭金藻属共同组成一支。在球等鞭金藻和颗石藻属形成的CLADE2支上,大溪地金藻、3011、8701和湛江等鞭金藻与球等鞭金藻聚类；ST2单独形成一支。在巴夫藻属支上,金藻J1处于PAGYRANS分支内；绿色巴夫藻与PAVIRESCENS和PALUTHERI聚类成一支。棕囊藻属由5个小分支组成PPOUCHETII、PANTARCTICA、PGLOBOSA、PCORDATA、PJAHNII,P2位于PGLOBOSA分支内。结论1、支持金藻类分巴夫藻纲和定鞭金藻纲两个纲,同时支持建立棕囊藻目。2、ST2可能为独立于南宫智能科技球等鞭金藻之外的一个新种,甚至新属；大溪地金藻、3011、8701和湛江等鞭金藻同属于等鞭金藻属,与球等鞭金藻亲缘关系较近。3、P2应为PGLOBOSA。4、金藻J1应为PAGYRANS绿色巴夫藻与PAVIRESCENS和PALUTHERI的亲缘关系较近。最后,对棕囊藻P2和南极棕囊藻PSAA和PSBA基因序列和RNA二级结构进行了对比分析。结果显示,两个基因的RNA二级结构能够一定程度地反映棕囊藻属的种间差异性,对于棕囊藻的种类鉴定有一定的参考价值。

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